Genopole de Lille

Analyse des constantes d'arbre de fouille

j2s2, Christian Costermans — 2008-05-23T12:34:20Z

Mémoire de thèse

These

Expression de la variance du nombre de maxima dans un hypercube de dimension d

Expression close de la variance

Références sur les travaux de recherche

Costermans, C., Enjalbert, J., Hoang Ngoc Minh, Petitot, M., 2005. Structure and asymptotic expansion of multiple harmonic sums. Proceedings de International Symposium on Symbolic and Algebraic Computation. pp. 100-107

ISSAC

Costermans, C., Enjalbert, J., Hoang Ngoc Minh, 2005. Algorithmic and combinatoric aspects of multiple harmonic sums. DMTCS

AOFA

Costermans, C., Hoang Ngoc Minh, 2006. Some results à l'Abel obtained by use of techniques à la Hopf . Proceedings de Global Integrability of Field Theories and Applications, pp 63-84

GIFT

Costermans, C., Hoang Ngoc Minh, 2007. Variance for the number of maxima in hypercubes and generalized euler constants . Proceedings de Formal Power Series and Algebraic Combinatorics.

FPSAC

Demande de projet

pamelard — 2006-08-31T07:53:36Z

Cette rubrique est accessible pour toute demande de projet. Votre demande sera traitée dans les plus brefs délais par le CIB. Notre objectif est de vous donner la parole pour que vous puissez constituer des projets avec notre équipe.

Cordialement, L'équipe du CIB

Formulaire de demande de projet

Sélection de clones

j2s2 — 2006-07-19T15:56:45Z

- Sélection de sondes / logiciel

Structuration et moyens nécessaires

pamelard — 2006-07-19T14:51:58Z

Ce projet constitue la base d'un axe fort de structuration de la recherche cardiovasculaire au CHRU de Lille sur le thème des Biothérapies.

1. Moyens nécessaires en recherche clinique

Les essais cliniques projetés seront organisés dans le cadre l'Unité Fonctionnelle Commune de Recherche (UFCR) de la Clinique de Cardiologie. Nous disposerons très rapidement d'une attaché de recherche clinique à temps plein ; de même, le travail administratif sera réalisé par une secrétaire de recherche qui partagera son temps entre l'axe « biothérapies » et les autres projets de l'UFCR.

2. Moyens médico-techniques spécifiques

Le plateau technique de l'Hôpital Cardiologique permettra la réalisation des différents protocoles d'étude. Cependant, deux points méritent d'être soulignés. Premièrement, la maîtrise des techniques d'injection intramyocardique par voie endocavitaire va constituer l'une des pierres angulaires des projets cardiaques. Ces techniques font appel à des méthodes de cartographie électro-mécanique maîtrisées par le Pr. Dominique Lacroix. Deuxièmement, ces études nécessiteront un accès fréquent aux appareils et techniques d'imagerie cardiaque ou vasculaire (techniques ultrasonores, scintigraphie, scanner et IRM).

3. Laboratoires de culture cellulaire

Le laboratoire de culture cellulaire d'hématologie est implanté dans des locaux de la faculté de médecine. En 2001, une activité de cultures de cellules musculaires lisses y a été implantée dans le cadre du projet INSERM coordonné par JB Michel (U460, Bichat) décrit ci-dessus. Cette activité permet de préparer l'implantation de cultures à but thérapeutique. Le laboratoire actuel occupe une surface d'environ 95 m2, dont 30 m2 de laboratoire « propre » avec entrée par sas et 2 postes de cultures PSM aux normes L2. Actuellement, 3 techniciens du CHRU de Lille et 1 technicienne de la faculté travaillent dans ce laboratoire, et l'encadrement est assuré par 2 biologistes (B. Jude et C. Cossement). Un ingénieur de recherche (Delphine Corseaux), vient d'être recruté gräce au financement de la genopole. Une extension du laboratoire et l'aménagement d'une salle de culture de 100 m2, dont une salle blanche, sont programmés pour 2003.

Programme Scientifique

pamelard — 2006-07-19T14:50:38Z

Biothérapies dans les maladies cardio-vasculaires

Les maladies cardio-vasculaires constituent un champ d'application très large pour ces nouvelles stratégies thérapeutiques du fait de leur très grande fréquence, de leur gravité, de leur coût pour la société et enfin de l'excellente accessibilité du cœur et des vaisseaux aux techniques de transfert de gène et de transplantation cellulaire. Les stratégies de thérapie génique et cellulaires poursuivent des buts identiques : modifier la structure et la fonction du cœur et des vaisseaux afin de l'adapter au processus pathologique. Elles nécessitent des compétences similaires (structure de biologie, structure de recherche clinique, maîtrise des techniques d'administration locale intra-myocardique et intra-vasculaire, capacités d'évaluation du bénéfice notamment imagerie, évaluation clinique, paraclinique économique...). De plus, à l'avenir les techniques de transfert de gène seront couplées à celles de thérapie cellulaire (transfert ex vivo) afin de modifier les fonctions des cellules transplantées à des fins thérapeutiques.

La principale force de cette plate-forme est la mise en commun de compétences multiples issues d'équipes différentes dans le but d'être capable de développer des projets en interne et de se placer comme interlocuteur de premier plan pour les projets en collaboration avec l'industrie.

A. Thérapie génique de l'angiogénèse

1. Administration du plasmide FGF-1 dans l'ischémie des membres inférieurs

Ce premier projet concerne les patients souffrants d'une ischémie des membres inférieurs, chez qui seront évalués les effets de l'administration du plasmide codant pour un facteur de croissance, le Fibroblast Growth Factor-1 (FGF-1). Ce travail sera réalisé dans le cadre d'une étude randomisée en double aveugle en collaboration avec l'industrie (Aventis). Nous envisageons d'inclure une vingtaine de patients sur une période de 1 an à partir du 1er trimestre 2002.

2. Administration du plasmide VEGF dans l'ischémie myocardique

Le deuxième projet concerne les patients souffrants d'ischémie myocardique, chez qui seront évalués les effets de l'administration du plasmide codant pour un autre facteur de croissance, le Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF). Ce travail sera réalisé sous un mode multi-centrique en collaboration avec le CHR Henri Mondor de Créteil et l'Hôpital Cardiologique de Bordeaux. L'une des originalité de ce travail est de recourir à une administration percutanée du plasmide, alors que la plupart des travaux réalisés jusqu'ici ont utilisé une administration chirurgicale. Nous prévoyons d'inclure 45 patients répartis sur les 3 centres sur une période de 1 an à partir du second trimestre 2002.

B. Thérapie cellulaire en cardiologie

1. Thérapie cellulaire de l'insuffisance cardiaque

Malgré d'importants progrès thérapeutiques, l'insuffisance cardiaque sévère est toujours associée à une mortalité très importante. La mise au point de nouvelles stratégies thérapeutiques est donc une priorité de santé publique. La transplantation cellulaire myocardique apparaît comme une technique nouvelle et prometteuse. Des résultats positifs concernant une expérience pilote (Phase I) de transplantation intra-myocardique de cellules de muscle périphérique ont récemment été rapportés par une équipe Française (Menasche P, et al. Lancet. 2001 ; 357:279-280). L'étape suivante est la mise en place d'une étude de phase II, multicentrique européenne dans laquelle un nombre limité de centres Français dont le CHRU de Lille seront impliqués.

2. Culture primaire de cellules musculaires lisses

Nous avons également débuté un programme de thérapie cellulaire vasculaire. La cellule musculaire lisse artérielle est la cellule principalement utilisée par l'organisme pour cicatriser la paroi artérielle lésée et apparaît donc comme l'une des cellules de choix pour des applications de thérapie cellulaire dans le système vasculaire. Ce projet est mené en commun avec l'unité 460 INSERM (Jean-Baptiste Michel) et l'unité 441 INSERM (Jacques Bonnet). Gräce à une technique originale d'isolement de la média artérielle il est possible de réaliser des cultures primaires de cellules musculaires lisses à partir d'un court segment artériel. L'application humaine d'une telle thérapie nécessite l'utilisation de cellules autologues non rejetées ; notre procédure innovante permet d'obtenir de telles cellules, de les cultiver et de les utiliser au bénéfice du patient. Dans ce contexte, l'une des premières applications possibles chez l'homme sera le traitement des anévrysmes par ensemencement endoluminal. Ce projet est déjà dans sa phase de mise en place ; les cultures cellulaires sont réalisées par l'équipe du Pr. Brigitte Jude à partir de fragments d'artères mamaires prélevés lors de geste de revascularisation myocardique (Pr. Warembourg, Pr. Prat).

Présentation du projet - Innovations Thérapeutiques

pamelard — 2006-07-19T14:43:53Z

Cette dernière plate-forme constitue une des originalités de la Génopole de Lille au sein du réseau national des génopoles dont elle fait partie intégrante. L'objectif de cette plate-forme est de préparer la région aux conséquences attendues de la progression des connaissances sur le génome humain et notamment aux applications possibles en matière de thérapeutiques fondées sur l'utilisation directe ou indirecte des gènes et de leurs produits sauvages ou modifiés.

La responsabilité de la gestion de cette plateforme a été confiée au CHRU de Lille. Le fonctionnement de la plate-forme sera alimenté par un programme scientifique centré sur les biothérapies dans le domaine cardio-vasculaire, dont plusieurs projets seront initiés en 2002.

Projet préparé par :

le Pr. Christophe Bauters (Coordinateur) Service de Cardiologie C Hôpital Cardiologique - CHRU de Lille 59037 Lille Cedex Tel : 33 (0)3 20 44 50 45 et 03 20 44 57 21 Fax : 33 (0)3 20 44 48 81 Email : cbauters@chru-lille.fr

le Pr. Brigitte Jude Laboratoire d'Hématologie Hôpital Cardiologique - CHRU de Lille 59037 Lille Cedex Tel : 33 (0)3 20 44 48 91 Fax : 33 (0)3 20 44 69 89 Email : b-jude@chru-lille.fr

le Pr. Eric Van Belle Service de Cardiologie B et Hémodynamique Hôpital Cardiologique - CHRU de Lille 59037 Lille Cedex Tel : 33 (0)3 20 44 50 08 Fax : 33 (0)3 20 44 51 30 Email : ericvanbelle@aol.com

le Pr. Philippe Amouyel (Directeur de la Génopole) INSERM U508 Institut Pasteur de Lille 1, rue Calmette 59019 Lille Cedex Tel : 33 (0)3 20 87 77 10 Fax : 33 (0)3 20 87 78 94 Email : Philippe.amouyel@pasteur-lille.fr

Techniques et services

pamelard — 2006-07-19T14:29:04Z

Techniques

La culture cellulaire :

La salle est équipée de deux hottes type PSM et deux incubateurs réservés à la culture de cellule ES, et divers matériels (électroporateur, cryoconservateurs, etc.). Cette salle permet de mener plusieurs projets simultanément.

La biologie moléculaire :

Un laboratoire pour 8 personnes est disponible pour le travail de biologie moléculaire et d'expérimentation. L'équipement comprend le matériel nécessaire pour effectuer des constructions et les criblages (southern blot et PCR).

Les micromanipulations :

Une salle est équipée de 2 postes complets de microinjection (ADN et cellules ES). Cette salle comporte également divers matériels pour la manipulation d'embryons (stéréoscope, microscope, incubateur, étireuse, microforge, micromeule, etc.).

L'animalerie :

Un espace de 36 m2 dans l'animalerie centrale partagé en 2 zones :

Un petit laboratoire équipé pour assurer les réimplantations d'embryons et les changes de cages
Une zone d'une capacité d'hébergement de 2000 souris.

Services

La transgénèse :

La création des souris transgéniques par injection de l'ADN dans le pronucléus d'ovocytes s'effectue selon une technique désormais bien standardisée. Brièvement, des ovocytes sont prélevés sur des souris femelles préalablement superovulées et fécondées. Ces ovocytes sont microinjectés avec l'ADN fourni par le laboratoire demandeur et réimplantés dans l'oviducte de souris pseudo-gestante. La gestation dure 19-21 jours. Deux semaines après la naissance des souris, des bouts de queues sont prélevés pour le génotypage. Seuls les animaux ayant intégré le transgène dans leur génome sont sélectionnés comme fondateurs potentiels.

La trangénèse ciblée par recombinaison homologue :

La technologie de recombinaison homologue dans les cellules ES (en anglais gene targeting) est le fruit de remarquables progrès dans les connaissances en biologie moléculaire, en biologie des cellules pluripotentes (ES : stem cell) et en embryologie. Contrairement à la technique de transgénèse classique qui ne permet que des intégrations aléatoires dans le génome hôte, la recombinaison homologue permet des modifications très précises et variées (gain de fonction, perte de fonction, substitution, etc.) des gènes cibles.

Brièvement, la première étape consiste à construire le vecteur qui permettra d'induire la mutation par recombinaison homologue dans des cellules ES. La seconde étape consiste à introduire le vecteur dans les cellules ES par électroporation in-vitro puis à procéder à la sélection et l'identification des clones correctement modifiés.

La troisième étape du projet consiste à injecter les cellules ES correctement modifiées dans des blastocystes que l'on réimplante ensuite dans des souris pseudogestantes. On visualise la participation des cellules mutées grâce au taux de chimérisme. Les souris chimères sont accouplées avec des souris C57Bl/6 pour des mutants hétérozygotes puis homozygotes.

Présentation - Génétique expérimentale

pamelard — 2006-07-19T14:26:53Z

Le laboratoire de Génétique Expérimentale (G.E.), est un plateau technique dont la mission essentielle est la création sur demande de souris génétiquement modifiées. Ce laboratoire répond aux besoins des équipes de recherche de la Génopole.

La localisation :

Le laboratoire dépend de l'Institut Pasteur de Lille (IPL) et se situe sur le site, dans le bâtiment Jean LEVY au 2éme étage.

L'organisation :

L'ensemble du laboratoire est organisé en quatre secteurs : la culture cellulaire, la microinjection, la biologie moléculaire et l'animalerie.

Chaque secteur est sous la responsabilité d'une personne qui assure son fonctionnement. L'ensemble des activités est coordonné pour permettre des microinjections tous les jours de la semaine, du lundi au vendredi et selon un planning établi avec les demandeurs.

Le comité de pilotage :

Un Comité de pilotage a été mis en place pour assurer un bon fonctionnement du service : répartition des moyens entre les différents programmes scientifiques, étude des investissements et des problèmes liés à l'activité.

Ce comité est composé de :

Chercheurs :

Claude AURIAULT (IBL/CNRS)
Yvan de Launoit (IBL/CNRS)
David Dombrowicz (IPL/INSERM)
Hafid MEZDOUR (IPL)
Bart STAELS (IPL/Lille 2).

Personnes :

Hafid MEZDOUR, responsable scientifique - tel : 03 20 87 79 74 - fax : 03 20 87 79 06 mail : hafid.mezdour@pasteur-lille.fr

Anne-Marie AYRAL, attaché de recherche IPL - tel : 03 20 87 79 78 mail : anne-marie.ayral@pasteur-lille.fr

Techniciens IPL :

Joëlle WAREIN, culture cellulaire - tel : 03 20 87 77 51 mail : joelle.warein@pasteur-lille.fr

Marie-pierre FOURMAUX, biologie moléculaire - tel 03 20 87 79 78 mail : marie-pierre.fourmaux@pasteur-lille.fr

Laurent POUILLY, micomanipulations - tel : 03 20 87 77 51 mail : laurent.pouilly@pasteur-lille.fr

Philippe PERSOONS, micromanipulations - tel : 03 20 87 79 78 mail : philippe.persoons@pasteur-lille.fr

Isabelle RIVA, animalerie - tel : 03 20 87 77 51 mail : isabelle.riva@pasteur-lille.fr

Publications

Christian Rolando, pamelard — 2006-07-19T14:11:01Z

Exemples de publications

Proteomics of breast cancer for marker discovery and signal pathway profiling, Hondermarck H, Vercoutter-Edouart AS, Révillion F, Lemoine J, El-Yazidi-Belkoura, Nurcombe V, Peyrat JP. Proteomics 2001 ; 1:1216-1232.

The mitogenic signaling pathway for fibroblast growth factor-2 involves the tyrosine phosphorylation of cyclin D2 in MCF-7 human breast cancer cells. Vercoutter-Edouart A, Lemoine J, Smart CE, Nurcombe V, Boilly B, Peyrat J, Hondermarck H. FEBS Lett. 2000, 4 ;478(3):209-15.

J. Amino-acid sequence determination and biological activities of a novel thrombin inhibitor from the leech Theromyzon tessulatum : the theromin., Salzet, M., Chopin, V., Baert, J.L, Matias, I. and Malecha, J. Biol. Chem 275, 30774-30780.

Identification of substituted sites on muc5ac mucin motif peptides after enzymatic o-glycosylation combining beta-elimination and fixed charge derivatization, Czeszak X., Ricart G., Tetaert D., Michalski J.C. and Lemoine J, Rapid Communication in Mass Spectrometry, sous presse

On-chip microfluidics for proteomic analysis by electrospray ionization/mass spectrometry, Pierre Tabourier, Christian Druon, Christian Rolando and Patricia Lefebvre, 1st EMBS Special Topic Conference on Microtechnology in Medicine & Biology, 2000, ISBN 0-7803-6603-4, pp 439-444

Exemples d'implication dans des contrats

Programme Génopole « Projet transverses de la Génopole de Lille »
- Analyse protéomique du processus de cancérisation : mise en évidence de marqueurs tumoraux et de cibles thérapeutiques. Coordinateur : H. Hondermack
- Nouvelles méthodologies bioinformatiques pour les pathologies multifactorielles et pour la protéomique. Coordinateur : J.P. Delahaye.
- La régulation O-glycosylation-phosphorylation dans les maladies neurologiques. Coordinateur : J-C Michalski
- Développement des outils de séquençage à haut débit pour l'étude du protéome. Coordinateurs : C. Rolando.
- Recherche de nouveaux marqueurs protéiques, peptidiques, et génétiques pour le dépistage des maladies cardiovasculaire et inflammatoires ; prolongements thérapeutiques. Coordinateur : M. Salzet
- Programme RMNT (réseau national de micro et nanotechnologie) : Protéomique intégrée. Christian Rolando, Christian Druon, Michel Salzet.

Programme GénoPlante, Approche de génomique fonctionnelle pour l'étude de la biosynthèse de l'amidon, Steven Ball

Programme GenHomme Après-séquençage Génomique : Identification de nouvelles cibles anticancéreuses par approche protéomique, Jean-Claude Michalski, 2001 ;

Programme GenHomme Après-séquençage Génomique : BioChipLab. Christian Rolando, Christian Druon, 2002.

Appel d'offre incitative « Bio-informatique » : Developpement d'une plateforme logicielle glyco-protéomique : étude structurale et annotation de la glycosylation post-traductionnelle des protéines, Jérôme Lemoine, Marie-Pierre Van Hoecke.

Tarification

Christian Rolando, pamelard — 2006-07-19T14:00:42Z

Remarque : les tarifs ci-dessous concernent des échantillons provenant de travaux universitaires dans le cadre de la Génopole de Lille hors contrats industriels.

Electrophorèse bi-dimensionnelle

Accès libre service (après formation)		Réalisée par le Plateau
70 € (HT)		100 € (HT)

Le prix comprend, la fourniture de tous les réactifs et l'accès au traitement des données.

Séquençage d'Edman ( N Terminal)

4 premiers cycles		5è au 10è cycles		Cycles suivants
30 € (HT)		20 € (HT)		10 € (HT)

Spectrométrie de masse et analyse protéomique

MALDI (spectre)		MALDI (spot)		NanoESI (spectre)		NanoESI (spot)
10 € (HT)		50 € (HT)		20 € (HT)		100 € (HT)

Prix donnés pour des spots visibles au Bleu de Coomassie.

Remarque : Séquençage d'Edman ( N Terminal)

Exemples :

Séquençage de 5 résidus : prix demandé (4 x 30) + (1 x 20) = 140 € Séquençage de 10 résidus : prix demandé (4 x 30) + (6 x 20) = 240 € Séquençage de 15 résidus : prix demandé 290 €

Remarque : Pour le séquençage de proteines bloquées en position N terminale ou en quantité insufisante , les 2 premiers AA seront facturés.

Conditions particulières Ne peuvent être séquencées que des protéines ou peptides purifiés. Une quantité minimale de 20 pmol de produits est requise. Les peptides ou protéines sont donnés pour le séquençage sous forme liquide, dans un tampon compatible avec le séquençage N-term ou transférés sur membrane de PVDF. (Prendre contact avec le responsable du séquençage pour plus d'informations).

Spectrométrie de masse et analyse protéomique

MALDI (spot) : Spot visible au Bleu de Coomassie, digestion, analyse MALDI, interrogation des banques de données (sous la responsabilité du donneur d'échantillon).

NanoESI (spot) : Spot visible au Bleu de Coomassie, digestion, micro-purification, analyse nano-ESI-MS et MS/MS (sur spectromètre Q-q-TOF), interrogation des banques de données (sous la responsabilité du donneur d'échantillon).

Les colorations au nitrate d'argent et au SYPRO ne sont pas prises en charge dans une première phase dans le cadre du Plateau.

L'identification de protéines modifiées ou inconnues (en particulier la localisation et la détermination des modifications post-traductionnelles) relève de la recherche et non du plateau.

L'interrogation des banques de données est faite sous la responsabilité du donneur d'échantillon.