Genopole de Lille

Docking@GRID est en ligne

2009-02-03T23:00:00Z

Docking@GRID version 0.1 est en ligne. L'application Docking@GRID, est une plate-forme Web open-source dédiée au Docking moléculaire et développée par le CIB. Vous pouvez télécharger et utiliser l'application librement à cette adresse : http://dockinggrid.gforge.inria.fr

Ouverture du Forum de PASE - Protein Array Software Environment

2007-10-23T14:18:42Z

le forum dédié à l'utilisation et au developpement de PASE (Protein Software Environment) est ouvert.

http://www.genopole-lille.fr/paseforum/index.php

Ce forum est entierement en anglais, l'inscription est libre. Ce forum s'adresse aux utilisateurs de PASE débutants ou confirmés, et constitue une précieuse aide pour l'installation, l'utilisation ou le développement de PASE.

Pour en savoir plus sur PASE : http://www.genopole-lille.fr/pase

A très bientôt !

L'équipe du CIB de Lille

Le CIB dans de nouveaux locaux

2007-04-01T22:00:00Z

Le Centre intégré de Bioinformatique a déménagé !

L'équipe intègre désormais la parc scientifique de la haute-borne dont voici la nouvelle adresse :

CIB - bureau 207

Parc scientifique de la haute borne

Bâtiment A - Park Plaza

40 Avenue Halley

59650 VILLENEUVE-D'ASCQ

03.59.57.78.79 ou 03.59.57.78.78

Formation Ethique et Recherche Biomédicale - CEM

2007-03-12T23:00:00Z

Année universitaire 2006-2007

Objectif :

L'objectif poursuivi est de proposer une réflexion critique à propos des enjeux éthiques des pratiques de recherche. Cette formation entend, non pas former la « moralité » des chercheurs ni favoriser leur engagement dans de « bonne pratiques », mais bien faire exister des conditions de possibilité de l'émergence d'un questionnement éthique, avec eux, pour les aider à devenir sujets autonomes dans leur propre pratique.

Méthode :

Elle s'appuie sur une compréhension de ce qui traverse les pratiques de recherche en vue d'en rendre plus intelligibles les enjeux éthiques et philosophiques. Par ce travail, s'élabore avec les chercheurs un recul critique quant aux motivations de la pratique de recherche ou quant à la fonction assumée par la recherche dans la société contemporaine. Il s'agit donc de valoriser au mieux le rôle critique de l'expérience des chercheurs confrontée à l'excès d'incertitude et de responsabilité ; Face à la complexité qui marque leur pratique, les chercheurs ont avant tout besoin d'être soutenus dans ce qui fait la réalité de leur pratique professionnelle : devoir habiter la complexité sans prétendre la résoudre mais sans pour autant la considérer comme un destin aliénant leur capacité éthique. Cette formation se décline sous forme de quatre modules de deux jours.

Public concerné :

La formation est destinée à tout acteur scientifique d'une équipe de recherche (chercheur, ingénieur, doctorant, post-doc, administratif, technicien ...)

RENSEIGNEMENTS PRATIQUES

FRAIS DE SCOLARITE (frais de dossier inclus) :
personnes prises en charges par la formation permanente : 925 €
personnes s'inscrivant à titre privé : 600 € Les chèques sont à libeller à l'ordre de L'I.C.L. Le paiement des frais de scolarité rend l'inscription définitive.

RENSEIGNEMENTS : Secrétariat du Centre d'Éthique Médicale, 56, rue du port 59046 LILLE Cedex Tel : 03 20.13.40.46 Fax : 03 20.13.41.46 E-mail : secretariat.cem@icl-lille.fr

PROGRAMME

1° Journée : 30 janvier 2007

« Initiation à l'éthique de la recherche »

Matin : Aux sources du questionnement éthique dans les pratiques de recherche Présentation des participants, leurs motivations et leurs attentes : « quelles sont les questions dont vous êtes porteurs ? ». Présentation de la formation, son organisation, son rythme et son contenu ; Pourquoi parler d'une éthique de la recherche ? À partir des problématiques rencontrées par les chercheurs, il s'agit de repérer les questions éthiques qui émergent de leurs pratiques (éthique inductive v/ éthique normative).
Débat

Après-midi : Repères philosophiques et juridiques de cette réflexion Les instruments théoriques et les concepts nécessaires pour mieux comprendre les logiques et les présupposés de certaines positions éthiques seront fournis par une approche des principaux courants de la philosophie morale (déontologisme, utilitarisme). Organisation et institutionnalisation de la réflexion éthique : depuis plus de 30 ans, la réflexion bioéthique s'organise. Cette institutionnalisation au travers d'instances internationales, nationales et locales, se traduit par de nombreux textes qui encadrent et inspirent les pratiques de recherche : il s'agit d'en repérer les moments clés.
Synthèse et débat

Intervenants : Armelle de Bouvet (Centre d'Éthique Médicale), Bernard Vandenbunder (Institut de Recherche Interdisciplinaire, Lille), Eduardo Dei Cas (Inserm EA3609, Université Lille 2, Institut Pasteur de Lille), Dominique Boury (Centre d'Éthique Médicale).

2° Journée : 13 mars 2007

« Les enjeux éthiques de l'articulation des pratiques de recherche et des pratiques cliniques. »

Matin : Sur la base de l'expérience d'un chercheur, puis celle d'un clinicien, nous explorerons les liens étroits entre les perspectives de la recherche et les exigences de la clinique. De plus en plus de projets de recherche vont « du malade au malade », ce raccourci n'est pas sans conséquences sur les modalités de réflexion et d'expérimentation.

Après-midi : Rôle de l'Evidence Based Medicine dans l'interaction entre la recherche et la clinique. Cet aspect sera abordé à partir dans un échange entre scientifiques et cliniciens, animé par un chercheur en éthique.

Intervenants pressentis : Philippe Vennin (Centre Oscar Lambret, Lille), Jean-Philippe Cobbaut (Centre d'Éthique Médicale), Eduardo Dei Cas (Inserm EA3609, Université Lille 2, Institut Pasteur de Lille), Pierre Fontaine (Centre de Biologie Clinique, Université Lille 2), Jean-Charles Lambert (INSERM U508, Université Lille 2)

3° Journée : 10 avril 2007

« La bioinformatique dans la recherche biomédicale : enjeux épistémologiques et éthiques »

Matin : Après un rappel historique sur le développement de la bioinformatique et de la « computational biology », nous discuterons de la façon dont cette évolution bouleverse en profondeur le rapport que les biologistes entretenaient avec leur domaine de connaissances. L'accumulation des données à une échelle inédite et les capacités de modélisation ouvrent de nouvelles perspectives de construction du savoir scientifique dont nous évaluerons les enjeux scientifiques, épistémologiques et éthiques.. Débat et approfondissement avec les intervenants

Après-midi : Nous explorerons les dimensions philosophiques des mutations dans la recherche biomédicale, notamment en termes d'impact sur les nouvelles responsabilités induites par ces transformations chez les acteurs de la recherche. Synthèse et débats : il s'agira de montrer la pertinence d'une confrontation entre regard scientifique et réflexion philosophique. Intervenants pressentis : Armelle de Bouvet (Centre d'Éthique Médicale), Hélène Touzet (UMR CNRS 8022, USTL Lille 1), Jacques Van Helden (Service de conformation des macromolécules biologiques et de bioinformatique SCMBB, ULB)

4° Journée : 5 juin 2007

« Les plates-formes techniques : leur impact sur les modalités et la structuration des pratiques de recherche »

Matin : Les plates-formes techniques sont devenues le mode privilégié de mise à disposition d'outils extrêmement performants. C'est aussi l'interface entre les scientifiques et le monde industriel et commercial. Autour d'exemples concrets (transcriptomique, protéomique), nous aborderons l'intérêt majeur que représente cette nouvelle structuration de la recherche, en soulignant les contraintes issues de la juxtaposition entre ces logiques industrielles et commerciales et les logiques liées à la production du savoir scientifique.
Discussion et approfondissement avec les intervenants.

Après-midi : En s'appuyant sur l'expérience d'un chercheur responsable d'une plateforme de transcriptomique, nous identifierons les normativités scientifiques à l'œuvre dans les pratiques de recherche, en termes d'enjeux éthiques et philosophiques.
Synthèse et débats.

Intervenants pressentis : David Hot (Laboratoire d'Etudes Transcriptomiques et de Génomique Appliquée - Plateforme Biopuces - IPL), Jean-Claude Michalski (UMR CNRS 8576, USTL Lille 1)

5° Journée : 11 septembre 2007

« Comment penser la complexité du vivant ? » Cette question sera abordée en croisant une démarche issue de la physique et une démarche issue de la médecine, une approche moléculaire et une approche physiologique.

Matin : Apports et limites des approches réductionnistes. A partir de l'accumulation de données issues des techniques de la biologie post-génomique et des dévelop¬pements récents en neurosciences et en sciences cognitives, nous évoquerons les nouvelles manières d'aborder la complexité du vivant : Biologie des systèmes, Biologie quantitative, Biologie intégrative, Computational Biology ... Synthetic Biology.

Après-midi : Nous chercherons à identifier les contraintes qui pèsent sur les entreprises interdisciplinaires. Nous nous demanderons où se situent les frontières entre matière, matière vivante, et être vivant à l'heure où s'associent les nano/bio technologies et nous réfléchirons à la façon dont ces nouveaux développements changent notre rapport au monde et au vivant.

Débat : En quoi ces nouvelles approches concernent les participants ?

Intervenants pressentis : Philippe Gallois (Faculté Libre de Médecine - GHICL), Bernard Vandenbunder (Institut de Recherche Interdisciplinaire, Lille)

6° journée : 9 octobre 2007

« Le contexte social, économique et politique des pratiques de recherche biomédicale »

Matin : Avec l'aide de chercheurs confrontés aux aspects financiers et administratifs de la recherche, nous réfléchirons au concept de « production scientifique » (nature, enjeux, finalités et impact, économique, juridique, culturel et politique) et au défi que représente, pour les acteurs de la recherche la confrontation aux nouveaux contextes socio-économiques (niveau européen, national et régional) dans lesquels ils exercent leur pratique.
Débat et discussions avec les intervenants.

Après-midi : Table ronde autour des regards croisés d'un chercheur universitaire, d'un chercheur animant une start-up et d'un responsable régional de la recherche. Nous réfléchirons aux enjeux des normativités politico-économiques pour une responsabilité éthique des chercheurs.
Synthèse et débats.

Intervenants pressentis : Gaétan Mairesse (Directeur Régional Recherche et Technologie), Fabienne Jean (Institut Pasteur de Lille).

7° Journée : 13 novembre 2007

« La responsabilité éthique du chercheur »

Matin : A travers l'exemple de la publication scientifique, on envisagera comment - aux différents niveaux de la communication - la responsabilité individuelle et collective des chercheurs est engagée. Ce n'est pas simplement comme producteur de connaissances, mais aussi comme acteur social et sujet éthique que le chercheur est impliqué.
Synthèse et débats

Après-midi : Au terme de cette formation, il s'agit d'approfondir le concept de responsabilité éthique du chercheur.
Synthèse et bilan de la formation

Intervenants : Armelle de Bouvet (Centre d'Éthique Médicale), Eduardo Dei Cas (Inserm EA3609, Université Lille 2, Institut Pasteur de Lille), Jean-Louis Dhondt (Annales de Biologie Clinique, GHICL), Dominique Boury (Centre d'Éthique Médicale).

Formation bioinformatique - Pasteur Lille

2006-12-10T23:00:00Z

Public : Chercheurs, ingénieurs, vétérinaires, médecins, parmaciens, cliniciens, personnels enseignants, techniciens (du domaine privé ou public) et toutes personnes ayant à caractériser ou à analyser des séquences nucléotidiques et à définir les amorces nucléotidiques.

Objectifs :

Cette formation a pour but de familiariser les participants ou de les rendre autonome dans la manipulation des principaux outils proposés :

la consultation des banques de données et de recherche d'informations
les traitements simples et plus complexes sur les séquences nucléotidiques (comparaisons de séquences, alignements multiples, annotations et prédictions sur analyses de séquences longues...)
l'utilisation des logiciels disponibles sur le web pour la définition des amorces nucléotidiques.

Contenu : Chaque module mêlera exposés théoriques et applications pratiques.

Module 1 - Banques de données et recherche d'informations Recherche d'informations dans les banques de données BLAST, NCBI, GENBANK, ... Evaluer la qualité des informations en fonction de la banque d'origine. Créer sa bibliothèque de banques selon ses études personnalisées. Croiser les informations et interroger plusieurs types de banque en même temps. Rapatrier des banques de données sur son ordinateur ou son serveur afin de créer ou d'associer de nouveaux outils.

Module 2 - Comparaisons de séquences et alignements Choisir les outils associés (alignement global ou local, Clustal, Dialign, ...). Comparer 2 séquences entre elles ou aligner un grand nombre de séquences issues d'une banque personnelle (alignement multiple). Trouver des similarités entre une séquence et une banque afin de caractériser la séquence inconnue (matrices de similarité). Récupérer les logiciels sur son ordinateur et travailler avec une banque personnelle formatée. Analyser les résultats et éventuellement ne récupérer que les éléments d'intérêts. Savoir choisir les bonnes options selon les recherches à effectuer.

Module 3 - Annotations et prédictions sur les analyses de séquences longues Identification des structures génétiques à partir d'une séquence longue issue d'un séquençage puis d'un assemblage : Recherche de parties codantes et recherche de motifs (promoteurs, introns, ...). Choix des méthodes de caractérisation des séquences et analyse des résultats.

Module 4 - Design d'amorces nucléotidiques Présentation des outils disponibles sur le web (Primer3, OligoArray, ...). Choix et définition des amorces nucléotidiques pour la réaction en chaîne du polymérase (PCR) ou pour le séquençage DNA ou par la détection du gène étudié (sonde nucléotidique). Vérification de la spécificité des amorces définies, de la Tm et des repliements structurales possibles.

Une autre formation accès sur la création et l'exploitation de bases de données en bioinformatiques sera assurée indépendamment le 20 et 21 décembre 2006. Plus de détails sur la formation base de données

PASE, Protein Array Software Environment

2006-09-28T22:00:00Z

PASE Protein Array Software Environment. PASE est une plateforme de gestion, stockage et analyse des données issues d'expériences de puces à polypeptides. PASE permet à tout laboratoire qui travaille sur cette thématique d'effectuer les tâches suivantes :

gestion flexible des informations dont il dispose pour l'annotation d'un reporter

gestion des plans de plaques de dépôts et de plans de lames au format GAL (Gene Array List)

gestion des informations concernant l'expérimentation biologique, à savoir, les protocoles expérimentaux, les designs d'expériences, les suivis de matériaux biologiques, les étapes d'obtention de résultats brutes.

PASE n'est pas seulement une plateforme de stockage et de gestion d'informations. Elle intègre également un module permettant l'ajout facilité d'outils d'analyse qui peuvent être codés sous diverses langages de programmation tel que R, C, Java, PHP, PERL... La plateforme d'origine regroupe déjà un ensemble complet d'outils permettant l'analyse d'une puce à polypeptides dont un des objectifs principal est de retrouver l'identifiant qui interagit le mieux dans une condition donnée avec le produit fixé sur la puce à une coordonnée donnée.

Une démonstration de PASE est désormais en ligne sur les serveurs de la Génopole de Lille. Pour utiliser cette plateforme, utilisez pase comme mot de passe et login.

Retrouvez plus d'informations et téléchargez PASE sur la Genopole de Lille.

Journée André VERBERT 2006

2006-09-25T22:00:00Z

Ecole polytechnique universitaire de Lille

08h30 : Accueil par le directeur de l'ED

09h00 - 10h00 : Session orale "PHYSIOLOGIE" modérateurs : Sophie ROGEE et Mathieu FLOURAKIS

MOLENDI-COSTE OLIVIER (EA2701 - directeur de thèse : Christophe BRETON) Effets d'une dénutrition maternelle périnatale sur la différenciation neuronale et neuroendocrine dans la médullosurrénale chez le rat mâle

VENNA VENUGOPAL REDDY (EA1046 - directeur de thèse : Dominique DEPLANQUE) Les effets anti-immobilité en nage forcée de l'acide alpha-linolénique peuvent être potentialisés par l'administration unique d'une faible dose de clonidine ou d'imipramine.

HOUDAYER ELISE (EA2683 - directeur de thèse : Philippe DERAMBURE) Etude de l'excitabilité corticale liée au mouvement : rôle du contrôle moteur inhibiteur et implications physiopathologiques

CLASADONTE JÉRÔME (U422 - directeur de thèse : Pierre POULAIN) Effets du Monoxyde d'Azote et de la Prostaglandine E2 sur le neurone à Gonadolibérine chez la souris. résumé

10h00 - 11h00 : Pause - café / Session Poster 1

11h00 - 12h00 : Session orale "NEUROPATHOLOGIES" modérateurs : Chrystelle LE DANVIC et Paul PEIXOTO

DOURLEN PIERRE (U422 - directeur de thèse : Luc BUÉE) Rôle de Pin1 dans les cellules neuronales et la maladie d'Alzheimer

BRETTEVILLE ALEXIS (U422 - directeur de thèse : Claude-Alain MAURAGE) Développement et Caractérisation d'un modèle in vivo de Dégénérescence Neurofibrillaire : Un outil de choix pour comprendre les mécanismes d'une mort neuronale liée a Tau.

LARVOR LYDIE (EA2683 - directeur de thèse : Marie-Christine CHARTIER-HARLIN) Variations d'expression du gène de l'α-synucléine, cause et conséquences sur la physiopathologie de la maladie de Parkinson

BENSEMAIN FAÏZA (U508 - directeur de thèse : Nicole HELBECQUE) Induction de l'expression de l'ornithine transcarbamylase dans la maladie d'Alzheimer.

12h00 - 13h00 : Pause - déjeuner

13h00 - 14h00 : Session Poster 2

14h00 - 15h00 : Session orale "TRANSPORTEURS SIGNALISATION" modérateurs : Maria KATSOGIANNOU et Maxime CULOT

FLOURAKIS MATTHIEU (EMI0228 - directeur de thèse : Natacha PREVARSKAYA) Mise en évidence du rôle du translocon dans la fuite passive de calcium et dans l'activation des canaux calciques de type SOC.

PLAISIER FABRICE (EA1046 - directeur de thèse : Michèle BASTIDE) Implication des canaux potassiques de l'unité neurogliovasculaire dans la plasticité cérébrale suite à l'ischémie-reperfusion.

FOVEAU BENEDICTE (UMR8117 - directeur de thèse : David TULASNE) Amplification de l'apoptose par le clivage séquentiel du récepteur tyrosine kinase MET par les caspases.

RUCKTOOA PRAKASH (UMR8525 - directeur de thèse : Vincent VILLERET) Études structurales de transporteurs périplasmiques potentiellement liés à la virulence de Bordetella pertussis

15h00 - 16h30 : Session orale "REGULATION GENETIQUE" modérateurs : Valérie FAUQUETTE et Gabriel BIDAUX

MARTIEN SEBASTIEN (UMR8117 - directeur de thèse : Corinne ABBADIE) Rôle du stress oxydant induit par les facteurs NF-kB dans la sénescence et l'émergence tumorale des cellules épithéliales

VINCENT AUDREY (U560 - directeur de thèse : Isabelle VAN SEUNINGEN) Régulation épigénétique des gènes de mucines 11p15 (MUC2, MUC5AC, MUC5B, MUC6) dans les cancers épithéliaux

DEGERNY CINDY (UMR8117 - directeur de thèse : Jean-Luc BAERT) Sumoylation et répression de l'activité transcriptionnelle de ERM

ROGEE SOPHIE (U524 - directeur de thèse : Jean-Claude D'HALLUIN) Biodistribution et mécanisme d'infection d'un vecteur adénoviral portant des fibres chimériques

PEIXOTO PAUL (U524 - directeur de thèse : Amélie LANSIAUX) Ciblage de l'ADN par des petites molécules et modulation de la fixation des partenaires protéiques

PENEL NICOLAS (EA2694 - directeur de thèse : Yazdan YAZDANPANAH) Infections nosocomiales en cancérologie : évaluation de l'incidence, des facteurs de risque, des conséquences économiques et mise en place d'action préventive.

16h30 - 18h00 : Conférence Plénière

Ronald MELKI Le repliement alternatif des protéines et l'hérédité structurale qui y est associée. Illustration à l'aide des prions de levure

Cocktail de clôture

MiFoBio 2006 - IRI

2006-09-20T22:00:00Z

Etude fonctionnelle de la cellule isolée aux systèmes cellulaires intégrés, dynamiques et interactions moléculaires, sondes, instrumentation, analyse d'image... "

Les Enjeux

L'étude des grandes fonctions cellulaires telles que l'expression du génome, le trafic membranaire, la signalisation cellulaire ainsi que l'analyse de la mobilité des cellules ou de leur organisation en tissus nécessite l'analyse des dynamiques et interactions moléculaires. La localisation de ces événements moléculaires au sein de cellules isolées et tissus vivants, leur mesure et leur quantification sont essentiellement basées sur de nouveaux développements en microscopie photonique.

Le développement de ces études est actuellement limité par de multiples verrous technologiques (sondes, ciblage, optique, détection, phototoxicité, analyse d'image, modélisation). Le dépassement de ces points de blocage nécessite l'association de compétences en chimie, physique, informatique, mathématique et biologie, la mise au point de nouvelles stratégies en microscopie analytique et quantitative (ensemble de solutions biologiques, technologiques et cognitives), la mise en œuvre de technologies émergentes tels les lasers femtoseconde, la mesure de fluorescence résolue dans le temps, les chambres intra-vitales, ou encore des outils informatiques d'analyse et de modélisation.

Les conditions apparaissent réunies sur le plan des savoir-faire et des équipements pour créer une synergie entre des équipes de compétences complémentaires dans le domaine de la microscopie du vivant.

Le But

Le but de cette école sera de développer les capacités d'étude fonctionnelle multidisciplinaire de la cellule et des systèmes cellulaires intégrés, rapprocher les différents acteurs participant au développement de ces savoirs et savoir faire. Cette école souhaite réunir des participants des différentes disciplines scientifiques représentant cinq départements du CNRS (chimie, physique, instrumentation, biochimie, biologie cellulaire, traitement de l'image, modélisation, mathématique appliquée,...).

Elle permettra :

D'acquérir un vocabulaire commun,
D'acquérir les bases conceptuelles et pratiques dans les différents domaines,
De fixer les problèmes liés à l'approche instrumentale du vivant,
De réflechir et d'imaginer des solutions méthodologiques et techologiques adaptées aux différentes questions biologiques.
De développer des interactions avec des laboratoires d'horizons différents

Public

Tous chercheurs, enseignants chercheurs, ingénieurs, post-doc ou doctorants des différentes disciplines participant au développement ou à la mise en œuvre des outils de la microscopie fonctionnelle. Public interdisciplinaire.

Ouverture du site de la Genopole de Lille

2006-09-10T22:00:00Z

Le site de la Genopole de Lille fait peau neuve. Créé au début des années 2000, l'ancien site souffrait d'une mise à jour des informations parfois difficile. Dans le souci de le rendre plus clair et plus facile à mettre à jour, nous avons choisi de le restructurer sous un CMS* ("Content Management System") reconnu, nommé SPIP.

Les objectifs de ce site sont multiples :

présenter les différents acteurs de la Génopole de Lille à travers les différentes plateformes

mettre à disposition sur le site les logiciels et documentations développés par les différentes équipes de bioinformatique. Notre volonté est de permettre la plus grande transparence au niveau de la communauté scientifique de nos développements dans le domaine de la bioinformatique

proposer un système d'actualité performant et régulièrement mis à jour par les différentes plateformes de la Génopole de Lille et par ses partenaires. Ainsi, ce site pourra constituer un mini portail d'informations pour l'environnement scientifique Lillois.

Dans le bloc "Dernières actualités" sur votre droite, vous trouverez des titres en orange ou en bleu. L'orange symbollise une date qui n'est pas encore passée. Pensez à vous rendre sur "Toute l'actualité" pour avoir une vision globale des informations du site. Dans cette rubrique, ce logo et le orange indiquent que l'actualité est toujours en cours.

Vous faites partie de la Génopole de Lille ou un de ses partenaires ? Vous désirez mettre à jour des informations sur ce site ? Rien de plus simple ! Plusieurs possibilités s'offrent à vous :

envoyez vos informations par mail, suivies de la localisation sur le plan du site de vos modifications.

demandez un compte utilisateur pour pouvoir modifier vos informations de façon autonome et régulière.

Pour toutes ces demandes ou autres renseignements, n'hésitez pas à nous contacter : www@genopole-lille.fr

Bonne navigation et merci à SPIP ;) !

L'équipe du Centre Intégré de Bioinformatique de Lille.

* Définition : Les systèmes de gestion de contenu ou SGC (de l'anglais Content Management System ou CMS) sont une famille de logiciels de conception et de mise à jour dynamique de sites web partageant les fonctionnalités suivantes :

ils permettent à plusieurs individus de travailler sur un même document,

ils fournissent une chaîne de publication (workflow) offrant par exemple la possibilité de publier (mettre en ligne le contenu) des documents,

ils permettent de séparer les opérations de gestion de la forme et du contenu,

ils permettent de structurer le contenu (utilisation de FAQ, de document, de blog, forum, etc.)

certains CMS incluent le contrôle de version.

Un CMS n'est pas un blog qui présenterait des nouvelles publiées sous forme de fils de discussions, de manière chronologique ou avec un classement par thèmes. Le CMS propose d'autres manières de structurer l'information. Ce n'est pas non plus un Wiki d'où la chaîne de publication est absente.

Plus de détails sur wikipédia http://fr.wikipedia.org/wiki/Syst%C...

Séminaire Bioinformatique - Ecole doctorale

2006-06-29T22:00:00Z

Le 30 Juin 2006 à 9h, Salle des Thèses, Ecole Doctorale Biologie - Santé, Faculté Médecine Université Lille 2, Pôle Recherche, métro CHR Oscar Lambret.

Cette journée séminaire destinée aux étudiants, chercheurs et industriels décrit des travaux effectués en Bioinformatique. Elle est organisé par le CIB - Génopole Lille Bioinformatique.

Les conférences seront assurées par

9h00-9h45 Madame le Professeur LÊ THI Hoài An de l'Université Paul Verlaine à Metz, responsable de l'équipe Algorithme et Optimisation de LITA (Laboratoire d'Informatique théorique et Application). « Conformation moléculaire et alignement multiple de séquences par approche d'optimisation »

10h00-10h45 Monsieur le Professeur Jean-Marc STEYAERT de l'Ecole Polytechnique à Palaiseau, responsable de l'équipe Bioinformatique de LIX (Laboratoire d'Informatique de Ecole Polytechnique). « Prédiction de structure pour des protéines transmembranaires »

11h00-11h45 Monsieur le Professeur Alain DENISE de l'Université Paris XI à Orsay, responsable du Master Bioinformatique et Biostatistique de LRI (Laboratoire de Recherche en Informatique). « Algorithmes pour la comparaison des structures secondaires d'ARN »

Depuis plusieurs années, l'équipe Bioinformatique du CIB travaillent en partenariat avec l'Institut Recherche Interdisciplinaire de Lille, la Plateforme de Génomique Fonctionnelle de Lille 2 et la Plateforme Biopuces de l'Institut Pasteur de Lille pour dégager de nouvelles méthodes d'investigation, en mathématiques et en informatique, et de mettre au point des logiciels pour exploiter les résultats obtenus sur la base des techniques des « puces à ADN ». Une première thèse, fruit de cette collaboration, sera défendue publiquement à 15h par le doctorant TRAN Van Trang.

Le titre de la thèse est :

« Approche combinatoire pour l'analyse des données des biopuces ».

Le jury sera composé de :

Président :
- Régis BEUSCART, Professeur à Université de Lille 2

Directeur de thèse :
- HOANG NGOC MINH, Professeur à Université de Lille 2

Rapporteurs :
- LÊ THI Hoài An, Professeur à Université Paul Verlaine de Metz
- Alain DENISE, Professeur à Université Paris-Sud XI d'Orsay

Examinateurs :
- Jean-Marc STEYAERT, Professeur à l'École Polytechnique de Palaiseau
- Bernard VANDENBUNDER, Directeur de Recherche au CNRS à l'Institut de Recherche Interdisciplinaire de Lille

Organisateurs : Professeur Hoang Ngoc Minh, l'équipe du CIB

Imagerie fonctionnelle du noyau - IRI

2006-06-20T22:00:00Z

Cette série de séminaires est organisée dans le cadre d'une action thématique du GDR 2588.

L'objectif de cette action thématique est double :

d'une part identifier les verrous technologiques, méthodologiques ou conceptuels limitant notre accès à la compréhension du fonctionnement du noyau,

d'autre part de rapprocher des compétences pour utiliser des outils disponibles pour répondre à de nouvelles questions.

Programme :

Après cette série de séminaires, une réunion de travail est organisée le 22 juin.

Télécharger le programme

Lieu :

Institut de Biologie de Lille - 1, rue du Pr. Calmette, 59021 Lille, France

Colloque Gand-Lille - "Bioinformatique"

2006-06-19T22:00:00Z

L'objectif de ce colloque est d'apporter aux différents scientifiques de Lille et de Gand du domaine de la biologie computationelle un échange d'idées sur plusieurs sujets de recherches tels que : la prédictions de gènes, les réseaux de régulations génique, les micros ARN, l'évolution de l'ADN...

La réunion aura lieu à Polytech'Lille sur le campus de l'Université des Sciences et Technologie de Lille 1 (USTL) située à Villeneuve d'Ascq.

Programme

10:00 - 10:15 Accueil / Café

10:15 - 10:30 Ouverture du colloque

10:30 - 10:55 A. Fontaine RNA comparative analysis : structure prediction and gene prediction

10:55 - 11:20 E. Bonnet miRNA genes and targets prediction

11:20 - 11:45 C. Hubans Prediction of operonic structures on E. coli K12 by an 'ab inito' method

11:45 - 12:10 Y. Van de Peer Nonrandom divergence of gene expression following gene and genome duplications in A. Thaliana

12:00 - 13:45 Repas / Posters

13:45 - 14:10 M. Defrance Analysis of regulatory sequences

14:10 - 14:35 Y. Saeys Feature Subset Selection

14:35 - 15:00 G. Kucherov Spaced seeds for homology searching

15:00 - 15:25 S. Maere Analysis of Gene Networks from Expression Data

15:25 - 16:15 Café / Posters

16:15 - 16:40 R. Blossey A compositional approach to gene networks

16:40 - 17:05 R. Merks In silico modeling of Arabidopsis leaf development : pilot studies

17:05 - 17:30 M. Lefranc Simple genetic oscillators and circadian rhythms

Organisateurs

E. Carlon (IRI et Polytech'Lille), Hélène Touzet (LIFL Lille) et Pierre Rouzé (VIB, Gent)

Formation biopuces - Pasteur Lille

2006-06-11T22:00:00Z

Public : Chercheurs, ingénieurs, techniciens (du domaine privé ou public) et toutes personnes ayant des projets d'analyse transcriptomique. Des notions en biologie moléculaire et des connaissances de l'outil informatique (tableur Excel, traitement de textes Word, Internet) sont requis.

Objectifs :

Cette formation a pour but d'initier les participants au domaine de l'analyse transcriptomique par la technologie des Puces à ADN. Le programme se propose de donner aux participants la capacité d'évaluer l'intérêt d'une telle approche et de mettre en place une stratégie scientifique liée à un projet d'analyse transcriptomique par Puces à ADN. En outre, les participants acquerront une vision critique des résultats générés par cette technologie et seront à même d'analyser des résultats de Puces à ADN. Une vision générale du domaine et de ses perspectives d'évolution complétera cette formation.

Contenu :

Théorie
Introduction sur les Puces à ADN.
Approches bioinformatiques pour la sélection des reporteurs.
Préparation des échantillons et considérations qualitatives.
Les différentes méthodes de marquages.
Méthodologies d'hybridation.
Acquisition et analyse des images.
Etudes critiques de cas d'école.
Traitement et normalisation des données.
Statistiques liées aux Puces à ADN.
Introduction aux plans d'expérience.
Stockage et gestion des données, recommandations MIAME.
Perspectives et évolution des Puces à ADN.

Formation BASE 1.2.x

2005-11-23T23:00:00Z

L'équipe du CIB, Centre Intégré de Bioinformatique de la Génopole de Lille, vous propose une formation "Stockage, gestion et analyse des données de transcriptomique issues d'expériences de puces à ADN par l'utilisation de BASE 1.2.x"

Jeudi 24 Novembre 2005 Salle A15 - Bat M5 Université des Sciences et Technologies de Lille

Cette formation a pour but de familiariser les participants ou de les rendre autonomes dans la manipulation des principales fonctionalités de BASE que sont :

le stockage et la gestion des données sur les puces (plan de spotting, protocoles de spotting, contrôles quallités ...)

le stockage et la gestion des données de manipulation sur puce (extractions, marquages, hybridations, quantification...)

l'analyse des données par un système de modules flexibles "plug-ins" (visualisation, normalisation, tests statistiques...)

Programme :

9h00 - 10h00 : Présentation - Introduction à BASE

Contexte scientifique, volume des données et MIAME
Solutions apportées par BASE
Architecture de la plate-forme
Présentation de l'interface

10h15 - 10h30 : Pause

10h30 - 12h00 : Pratique - Array LIMS, de la plaque jusqu'au plan de spotting

14h00 - 15h45 : Pratique - Biomaterial, de l'echantillon biologique aux données brutes

15h45 - 16h00 : Pause

16h00 - 18h00 : Pratique - Analyse data, utilisation des modules d'analyses et d'interprétation des données

RNG - Grille Bioinformatique

2005-09-29T22:00:00Z

La montée en puissance des techniques à hauts débits en biologie (séquençage, génomique, protéomique, ..) engendre une masse exponentielle de données biologiques (puces ADN, génomes, structures 3D, ...). Le stockage, la gestion et l'extraction d'informations à partir de ces données deviennent intensifs et font apparaître, autant pour la recherche académique que pour les applications industrielles, la bioinformatique comme un point crucial. L'utilisation de clusters et des grilles informatiques devient incontournable pour plusieurs applications de la bioinformatique.

Programme :

« Bioinformatique et Grille : expérience lilloise », E-G. Talbi (CIB - Lille)

« Bioinformatique et Grille : réalisations pour l'analyse de séquences », C. Blanchet (PBIL - Lyon)

« Grilles pour les sciences de la vie : développements récents », V. Breton (IN2P3)

« Calcul intensif en bioinformatique : réalisations en génétique et génomique évolutives », S. Penel (LBBE/PBIL - Lyon)

« Infrastructures matérielle et logicielle de la plateforme bioinformatique de Bordeaux », D. Jacob (INRA - Bordeaux)

« La plate-forme GenOuest : services et activités de recherche », H. Leroy et Anne-Sophie Valin (INRIA - Génopole Ouest)

« Gigablaster : notre expérience dans le domaine du calcul distribué depuis 1996 », S. Audic (Plateforme Bioinformatique Marseille)

« Serveur WEB de la plateforme bioinformatique de Marseille », F. Enault (Plateforme Bioinformatique Marseille)

« Plate-forme bioinformatique Génopole Toulouse Midi-Pyrénées », JM. Larré (Plateforme Bioinformatique Toulouse)

Lieu :

Université des Sciences et Technologies de Lille Laboratoire Informatique Fondamentale de Lille Salle de conseils - Bat M3

Contact :

Contact : El-Ghazali Talbi , responsable de la plateforme bioinformatique Tél. 03 28 77 85 53 e-mail : talbi@lifl.fr

Formation "Analyse Statistique des Biopuces"

2003-09-09T22:00:00Z

Le but de cette formation est de permettre aux biologistes une utilisation efficace des outils et méthodes statistiques pour analyser leurs données issues de biopuces.

A l'issus de cette formation, les participants devront être en mesure de :

Maîtriser les bases en statistiques pour analyser des données biopuces
Pouvoir évaluer statistiquement la qualité des expériences
Comprendre les méthodes de normalisation et classification
Etre capable de choisir son protocole d'analyse en fonction de l'étude biologique
Etre capable de justifier les méthodes statistiques choisies

Public concerné :

Biologistes ayant une pratique de la technologie des biopuces et souhaitant acquérir des notions statistiques pour l'analyse des données. (Biologistes des plateformes biopuces de la Génopole, et des unités utilisatrices des plateformes en priorité)

Contenu :

Pré-requis : maîtrise de la technologie des puces et de l'analyse des données Journée 1 :

Statistiques descriptives : Rappel de base en statistiques (moyenne, variance, distribution), méthodes de représentation graphique (plot, ACP), méthodes de normalisation (régression linéaire, lowess)

Journée 2 : Analyse différentielle des données : tests statistiques

Journée 3 : Classification

Méthodes :

Le travail sera à la fois théorique (cours le matin) et pratique (TP l'après-midi). Les applications se feront sur des données biologiques afin de comparer les différentes méthodes statistiques, et ce selon les questions biologiques posées.

Intervenants et organisateurs :

Stéphane Robin - Jacques Van Helden

CIB - Génopole de Lille,

CNRS Nord - Pas-de-Calais et Picardie - Bureau Régional Formation Permanente

INSERM Délégation Nord / Pas-de-Calais, Picardie et Normandie - Bureau Régional Formation Permanente

Effectif : Un groupe de 12 personnes en TP et cours. Les cours pourront accueillir 15 personnes supplémentaires.

Durée : du 10 au 12 Septembre 2003 ; cours de 9 à 12 H, TP de 14 à 17 H. Cité Scientifique Villeneuve d'Ascq / Salle DESS Bio - Info