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PASE Protein Array Software Environment. PASE est une plateforme de gestion, stockage et analyse des données issues d’expérience de puces à polypeptides. Ce projet se base sur la version 1.2.16 de BASE . PASE permet à tout laboratoire qui travaille sur cette thématique d’effectuer les tâches suivantes :

• gestion flexibles des informations dont il dispose pour l’annotation d’un reporter

• gestion des plans de plaques de dépôts et de plans de lames au format GAL (Gene Array List)

• gestion des informations concernant l’expérimentation biologique, à savoir, les protocoles ecpérimentaux, les designs d’expériences, les suivis de materiaux biologiques, les étapes d’obtention de résultats brutes.
  
  

PASE - Array LIMS

PASE - Analyse

PASE n’est pas seulement une plateforme de stockage et de gestion d’informations. Elle intégre également un module permettant l’ajout facilité d’outils d’analyse qui peuvent être codés sous diverses langages de programmation tel que R, C, Java, PHP, PERL... La plateforme d’origine intégre déjà un ensemble complet permettant l’analyse d’une puces à polypeptides dont un des principal objectif est de retrouver la protéine qui intéragis le mieux dans une condition données avec le produit fixé sur la puce à une coordonnée fixéé....

Téléchargements PASE 1.0.0 - Uploads PASE 1.0.0

Tarball original BASE v1.2.16

Version originale de BASE 1.2.16 utilisée dans le projet PASE. Original version of BASE 1.2.16 for the PASE project - Many tanks for BASE developers team

Tarball PASE v1.0.0

Version 1.0.0 de PASE 1.0.0 version of Protein Array Software Environment|

Patch de base-1.2.16 vers pase-1.0.0

Patch de BASE 1.2.16 vers PASE 1.0.0 : modifications de sources apportées par le projet PASE. Patch for PASE 1.0.0, differential between BASE.1.2.16 and PASE source codes|

Guide de présentation (fr) PASE

Guide de présentation de PASE 1.0.0 en français (traduction prévue). User guide for PASE platform in french|

Tarball original BASE v1.2.16

Tutoriel en français pour une utilisation concrète de PASE 1.0.0. French tutorial for PASE using|

Plugin - Barplot 1.0

Plugin Barplot 1.0 permettant de représenter sous forme de graphiques en barres les intensités d’une puce à polypeptides (analyse distincte de chaque concentration). Barplots representations for 1ch polypeptide chips. Barplot plug-in represent all concentrations on your bioassay set.|

Plugin - Barplot 1.1 Design

Plugin Barplot 1.1 permettant de représenter sous forme de graphiques en barres les intensités d’une puce à polypeptides (analyse distincte de chaque concentration) EN fonction d’un design d’expérience à plusieurs conditions. Barplots representations for 1ch polypeptide chips. Barplot plug-in represent all concentrations on your bioassay set ACCORDING to a experience design.|

Bubble plot (BDI) 1.1

Plugin Bubble plot 1.1 permettant de représenter les intensités d’une reporter en fonction de 2 annotations choisies stockées dans la plateforme (à concentration distincte) : le diamétre des bulles est corrélé avec la médiane(médiane(replicats)*chaque puce). Bubble plot plug-in represent 2 annotations and intensity on your bioassay. Bubble diameters and color are correled to median(median(replicats)*each slide)|

Communications scientifiques

Abstract - PASE - JOBIM2006

Partenaires :

• Laboratoire d’Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Clarisse Dhaenens

• Centre Intégré de Bioinformatique, Fabien Pamelard, Pierre Laurence

• Institut de Biologie de Lille - Groupe Chimie des Biomolécules - UMR 8161, Oleg Melnyk