BioInformatique

Projets de recherche dans lesquels le CIB ou les équipes de recherche en informatique et bioinformatique de la Génopole sont impliqués :

Glycoprotéomique
Projet co-financé par la Région Nord-Pas de Calais et le CNRS.
Partenaires :
Laboratoire de glycobiologie structurale (UMR 8576 - USTL), Jêrome Lemoine
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Marie-Pierre Van Hoecke, Benoit Planquelle
Sujet : interprétation automatique de spectres de masse de glycannes et de glycoprotéines, création d'une base de données de N- et O-glycannes, annotation des glycoprotéines.
Résultat : un premier prototype permettant l'interprétation automatique de spectre de masse de glycannes est disponible ainsi qu'une plateforme visuel (Glycoseek ) intégrant cet outil et une base de données de spectres de Glycannes.

Microarrays
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Génétique moléculaire et approches thérapeutiques de hémopathies malignes, Jean-Pierre Kerckaert
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Marie-Pierre Van Hoecke, Valérie Cognat
Sujet : structuration, stockage et traitement de gros volumes de données issues du plateau technique de génomique fonctionnelle. Application à l'étude de la fonction du gène LAZ3 et de la bactérie Bordetella pertussis
Résultat : Mise en place d'une base de données et d'outils d'analyse (prévu pour février 2003)

Datamining
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Laetitia Jourdan
Laboratoire de génétique des maladies multifactorielles, Sophie Gallina
Sujet : evolutionary feature selection for disease prediction. Développement d'outils de datamining pour découvrir les facteurs génétiques impliqués dans les maladies multifactorielles.
Résultat : Programmes de sélection d'attributs et de clustering à base d'algorithmes génétiques. Programmes de creation et de visualisation de regles d'associations (ASGARD et ARV)

Intégration d'outils
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Laboratoire de génétique des maladies multifactorielles, Sophie Gallina
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Jean-Paul Delahaye,

Participation :
DESS de Bioinformatique de Lille
DESS Etudes des génomes: outils informatiques et statistiques

Sujet : Intégration/développement d'outils pour l'analyse et l'annotation de données génomique et post-génomiques. Application pour l'étude de maladies complexes (diabète et obésité).
Résultat :
- Logiciel de sélection de SNP pour l'aide au clonage positionnel.
- Logiciel d'annotation automatique de transcrits (identification, localisation et fonctions Gene Ontology)
- Mise en oeuvre des parties client et serveur d'un protocole pour la gestion d'annotations distribuées (DAS). Utilisation pour l'intégration
  - d'annotations génomiques publiques et locales (produites par les 2 précédents logiciels)
  - de données spécifiques à l'étude de maladies complexes (liaison génétique, déséquilibre de liaison)

Gels Bidimensionnels
Partenaires :
Laboratoire de Biologie du Développement, Hubert Hondermarck
Centre Commun de Spectrométrie de Masse, Christian Rolando
Laboratoire d'Épidémiologie des maladies chroniques, Florence Pinet
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Marie-Pierre Van Hoecke, Benoit Planquelle
Sujet : mise à disposition sur le site web d'une base de données d'images annotées de gels bidimensionnels de cellules épithéliales mammaires humaines normales ou cancéreuses.
Résultat : Version de démonstration de la base de données.

Règles d'associations
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Clarisse Dhaenens, Mohammed Khabzaoui
CHR Université de Lille 2
Sujet : Règles d'association pour données issues de biopuces : application aux maladies cardiovasculaires
Résultat : Développement d'un algorithme pour la découverte de regles d'associations à partir des données d'expériences de biopuces. Une interface WEB ainsi qu'un module pour BioArray Software Environment (BASE) sont en cours de développement à partir de cet algorithme.

Méthodes d'optimisation pour la proteomique
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Laetitia Jourdan, Jean Charles Boisson
Université de Lille 1 - Chimie Organique et Macromoléculaire - UMR CNRS 8009, Christian Rolando
Sujet : Méthodes d'optimisation pour l'identification automatique des protéines.
Résultat : Développement d'ASCQ-ME, un logiciel qui permet une identification peptidique directement à partir des spectres de masses (sans aucune extraction de listes de masses). Une interface WEB conviale à destination de la communauté scientifique est en cours de développement.

Docking
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Nouredine Melab, Samuel Hoareau
Institut de Biologie de Lille - Structures et fonctions des Biomolécules - UMR 8525, Dragos Horvath
Sujet : Algorithmes génétiques multi-objectifs sur Grille appliqués au "Protein Folding Problem".

Nano3D
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, El Ghazali Talbi, Clarisse Dhaenens
Centre Intégré de Bioinformatique, Fabien Pamelard, Pierre Laurence
Institut de Biologie de Lille - Groupe Chimie des Biomolécules - UMR 8525, Oleg Melnyk
Sujet : Mise au point d'une plate-forme WEB pour la gestion et le stockage des données générées par les expériences de puces à protéines.
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L'équipe du CIB - - cib@genopole-lille.fr (derniére modification le 14 Mar 2006)