BioInformatique

Présentation

La plateforme technique de bioinformatique, appelée le CIB (Centre Intégré de Bioinformatique), est un plateau destiné à mettre à disposition des chercheurs de la Génopole,

de la puissance de calcul,
un espace de stockage des données produites par les équipes de recherche,
des accès aux logiciels les plus utilisés,
le savoir-faire et les compétences en informatique et bioinformatique des ingénieurs du CIB pour l'exploitation des données , la création d'algorithmes et le développement de logiciels en bioinformatique,
du support aux équipes de recherches du Laboratoire d'Informatique de Lille (LIFL)
des cycles de formation à la bioinformatique.

Les personnes :

El-Ghazali TALBI, responsable de la plateforme ;
tél : 03 28 77 85 53 ; fax: 03 28 77 85 37 ; email : talbi@lifl.fr
Régis BEUSCART, co-responsable de la plateforme ;
tél : 03 20 62 69 70 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : rbeuscart@univ-lille2.fr
Minh Ngoc HOANG, professeur ;
tél : 03 20 62 34 53 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : hoang@univ-lille2.fr
Cristian PREDA, professeur ;
tél : 03 20 62 68 01 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : cpreda@univ-lille2.fr
Clarisse DHAENENS, maitre de conférences ;
tél : 03 28 77 85 52 ; fax: 03 28 77 85 00 ; email : dhaenens@lifl.fr
Julien SOULA, ingénieur ;
tél : 03 20 33 71 86 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : soula@lifl.fr
Arnaud SCHLOESING, ingénieur ;
tél : 03 20 33 71 86 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : aschloesing@chru-lille.fr
Pierre LAURENCE, ingénieur ;
tél : 03 28 77 85 51 ; email : laurence@lifl.fr
Fabien PAMELARD, ingénieur ;
tél : 03 28 77 85 51 ; email : pamelard@lifl.fr
Laetitia JOURDAN, CR INRIA ;
tél : 03 28 77 85 49 ; email : Laetitia.Jourdan@lifl.fr
Jean-Charles BOISSON, Thésard ;
tél : 03 20 41 75 63 ; email : Jean-charles.Boisson@lifl.fr
Alexandru TANTAR, Thésard ;
tél : 03 20 41 75 63 ; email : tantar@lifl.fr
Mohammed KHABZAOUI, Thésard ;
tél : 03 20 41 75 63 ; email : khabzaou@lifl.fr
Sébastien CAHON, Ingénieur de Recherche ;
tél : 03 28 77 85 52 ; email : cahon@lifl.fr
Christian COSTERMANS, doctorant ;
tél : 03 20 62 34 53 ; email : ccostermans@univ-lille2.fr
Trang TRAN, doctorant ;
tél : 03 20 62 34 53 ; email : trang.tran@univ-lille2.fr

La localisation :

Une partie du CIB est accueillie à l'Université de Lille1 - Bureaux 204,230 et 231 (2ème étage - extension) - Bât M3 - LIFL.
Une autre est accueillie à l'Université de Lille2 - Pôle recherche la faculté de médecine de Lille - Laboratoire du CERIM.
Le serveur est installé dans la salle serveurs du CERIM, faculté de médecine de Lille.

L'enseignement :

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Ressources informatiques

Le serveur choisi est une machine à deux fois quatre processeurs ES40 en cluster de marque COMPAQ, dont la puissance totale est 8*667Mhz.
Capacité de stockage disque dur : 36 disques de 18 Gigaoctets.
Le SGBD (Système de Gestion de Bases de Données) choisi est Oracle 8i.
Le site web : structuré en espaces dédiés aux plateaux techniques, domaines transverses et thèmes de recherche (pathologies) de la génopole. Une partie du site est privée, accessible par mot de passe.
Machine parallèle : le CRI (Centre de Ressources Informatiques) de l'USTL met à la disposition du CIB sa machine parallèle IBM à 4*16 processeurs SP3 et son logiciel de datamining Intelligent Miner.
Un accés au noeud lillois dans le cadre du projet grid 5000.

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Services offerts

listes de diffusion : le CIB propose de gérer des listes de diffusion (mailing lists) du type nomdeliste@genopole-lille.fr;
annuaire : un annuaire des membres des laboratoires de la Génopole. La recherche peut s'effectuer sur différents critères : nom de personne, de laboratoire, thème de recherche etc ...;
moteur de recherche : le site web contient un moteur de recherche à 3 niveaux :
- recherche sur des mots appartenant à une liste de mots-clefs dans le site www.genopole-lille.fr
- recherche sur tous les mots des pages dans le site www.genopole-lille.fr
- recherche sur les sites web connexes (en cours de développement).
formations : le CIB propose des cycles de formations courts à la bioinformatique ouverts aux chercheurs et stagiaires des laboratoires de la Génopole; voir les résultats de l'enquête.
logiciels : des logiciels publiques de bioinformatique sont mise à disposition sur ce site; ils s'exécutent sur le serveur du CIB; deux types d'accès sont proposés selon les possibilités :
- soit à travers une interface web;
- soit directement sur la machine serveur; dans ce cas, un "compte unix" est nécessaire
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L'équipe du CIB - - cib@genopole-lille.fr (derniére modification le 14 Mar 2006)