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Outils pour les biopuces
Sélection de sondes
Logiciels développés ou co-développés par le CIB
Sélection de clones
Ces formulaires permettent de sélectionner des clones d'intérêt dans la banque fournie par le CNS. Cette sélection se base sur la recherche d'homologie (par BLAST) entre les séquences de clones et une liste de loci d'intérêt.
XXfrag
Ce logiciel permet la sélection, dans le génome humain, de fragments d'ADN afin de synthétiser par PCR des sondes à spotter sur un micro-array. Ces séquences sondes sont testées (BLAST) afin d'être spécifiques au sein du génome humain.
FindExpress
En collaboration avec le laboratoire de Biopuces, Institut Pasteur de Lille
Ce logiciel permet le design d'amorces spécifiques d'un ensemble donné de séquences nucléotidiques (produits PCR ou oligos longs) , avec la possibilité d'exclure du design un autre ensemble choisi de séquences (ARN ribosomiques par exemple).
Recherche d'oligo
Ce formulaire permet de rechercher une liste d'oligos chez des fournisseurs (Qiagen et MWG actuellement) à partir d'une liste de gènes d'intérêt (identifiants Genbank ou LocusLink).