Outils pour l'analyse des données de Biopuces

Normalisation et Clustering

Software	Analyse	Utilisation	Méthodes	Type de fichiers en entrée	Sortie
SNOMAD (Standardization and NOrmalization of MicroArray Data)	Normalisation	En ligne	Regression linéaire, Lowess	Fichier texte tabulé sans ligne de titres. Minimum 4 colonnes : Cy5, Cy3, Cy5 bckgd, Cy3 Bckgrd	Fichier texte tabulé + sortie graphique
MarC-V (Microarray Calculation and Visualisation)	Normalisation	Téléchargement d'un fichier Excel	Outils de Normalisation et de visualisation	Fichiers Genepix	sortie possible des données calculées
MIDAS Microarray Data Analysis System	Normalisation	Téléchargement d'une application java	Intensité totale, Regression linéaire, Lowess, déviation standard, Z-score	Fichiers .tav (issus de SpotFinder) (Voir format)
MeV Multi Experiment Viewer	Pré-processing, Clustering	Téléchargement d'une application java	Clustering hiérarchique, k-means, SOM, ACP, T-test, SAM, QT_Clust, SVM, Gene shaving, Relevance networks, SOTA, FOM	Fichiers .tav (issus de SpotFinder) (Voir format)
D-chip	Normalisation, Clustering	Téléchargement	Normalisation, Clustering
Normalise suite	Normalisation, Clustering	Téléchargement	Normalisation et Clustering des données	Fichier Genepix
MAExplorer (MicroArray Explorer)	Normalisation, Clustering, Visualisation	Téléchargement d'un application java	visualisation, normalisation, clustering, lien vers bases de données externe	Type de fichiers en entrée
Bioconductor	Normalisation, Clustering	Téléchargement de packages R	modules R pour l'analyse des données biopuces (normalisation, clustering)	Fichier texte tabulé
SMA (Statistics for Microarray Analysis)	Normalisation	Téléchargement d'un package R	modules R de fonctions de normalisation pour l'analyse des données biopuces (regression linéaire, lowess, ...)	Fichier texte tabulé avec ligne de titres
tpWY (t-statistics, p-values, and Westfall and Young step-down method)	Normalisation	Programme C	modules R de fonctions de normalisation pour l'analyse des données biopuces	Fichier texte tabulé
DNA Microarray Data Analysis Script	Normalisation, Clustering	Scripts perl	tests statistiques	-
PAM Prediction Analysis for Microarrays	Classification	Téléchargement de package R	Méthode des centres les plus proches (nearest shrunken centroids)	-
Cleaver	Classification, Clustering	En ligne	Classification (analyse discriminante, K-means, ACP)	K-Means : fichier texte tabulé représentant la matrice d'expression (exemple de format)
BrB ArrayTools	Clustering	Téléchargement	Visualisation et analyse statistique sous Excel (Menu ArrayTools dans Excel après installation)	Fichier Excel.
Array File Maker	Pre-processing au Clustering, Visualisation	Téléchargement	Préparation des fichiers pour le clustering, diagramme de Venn. Fonctionne sous Excel.	Fichier Excel.
GeneViz	Clustering	Téléchargement	Double Conjugated Clustering (DCC), DCC supervisé, ACP, Décomposition en valeur singulière
J-express	Clustering, Visualisation	Téléchargement d'une application java	Clustering hiérarchique, SOM, ACP		Fichier texte + Sauvegarde des images
GEPAS Gene Expression Pattern Analysis Suite	Normalisation, Visualisation, Clustering, Classification, Data Mining, Expression différentielle de gènes.	En ligne		Fichier tabulé. Matrice d'expression. (Voir format)
ClustFAVOR Gene Expression Cluster and Factor Analysis Using Varimax Orthogonal Rotation	Clustering	Téléchargement	Clustering, ACP	Fichier tabulé (Voir format)
AMIADA	Pre-processing, Clustering	Téléchargement	pre-processing, Clustering	Fichier tabulé
Data Processing of Time Course Data	Pre-processing, Clustering	Téléchargement	Ensemble de macros Excel : pre-processing, Clustering	Fichier Excel
SAM-software	Pre-processing, Clustering	Téléchargement	Macro Excel pour pre-processing, Clustering	Fichier Excel
GeneCluster	Clustering	Téléchargement	K-plus proches voisins (KNN), SOM
Cluster / TreeView	Clustering, Visualisation	Téléchargement	Clustering hiérarchique, SOM, K-mean, ACP

L'équipe du CIB - - cib@genopole-lille.fr (derniére modification le 6 Aug 2003)