Normalisation et Clustering

Fichiers Cleaver :

Les fichiers tabulés peuvent être générés sous Excel – en sauvant le fichier en tant que "texte -séparateur tabulations"
Les fichiers de matrice pour Cleaver doivent avoir le format suivant :

Fichiers TIGR .tav :

Fichiers tabulés sans ligne de titre de minimum 8 colonnes.

1ère colonne : numéro de la ligne du spot dans la lame
2ème colonne : numéro de la colonne du spot dans la lame
3ème colonne : numéro de la ligne du block où se trouve le spot
4ème colonne : numéro de la colonne du block où se trouve le spot
5ème colonne : numéro de la ligne du spot dans le block
6ème colonne : numéro de la colonne du spot dans le block
7ème colonne : Intensité du spot dans le channel A corrigé du bruit de fond
8ème colonne : Intensité du spot dans le channel B corrigé du bruit de fond

9ème colonne : ratio moyen du spot
10ème colonne : pixels totaux du spot
11ème colonne : facteur de saturation du spot (% de pixels non-saturants)
12ème colonne : ratio median du spot
13ème colonne : spot mode ratio
14ème colonne : background du spot dans le channel A
15ème colonne : background du spot dans le channel B
16ème colonne : flag du spot dans le channel A
17ème colonne : flag du spot dans le channel B

Fichiers GEPAS :

Fichier texte tabulé. Les lignes de commentaires commencent par '#'. Les données manquantes sont vides.
Exemple :

one	-3.06	-2.25	-1.15	-6.64	0.40	1.08
two	-1.36	-0.67	-0.17	-0.97	-2.32	-5.06
three	-0.17	0.48	1.23	1.52	1.11
four		1.61	-0.27	0.71	-0.62	0.14
five	2.09	2.12	2.62	1.95	1.04	2.18
six	0.20	-3.06	-0.03	0.64	0.84
seven	-2.00	-0.64	-0.29	0.08	-1.00
eight	0.93	1.29	-0.23	-0.74	-2.00	-1.25
nine	0.88	0.31	-0.22	3.25
ten	0.71	1.03	-0.25		1.03

Fichiers ClustFAVOR :

Fichier texte tabulé.
Exemple :

array1 array2 array3 array4 array5 genename
-3.06	-2.25	-1.15	-6.64	0.40	gene1
-1.36	-0.67	-0.17	-0.97	-2.32	gene2
-0.17	0.48	1.23	1.52	1.11	gene3
1.61	-0.27	0.71	-0.62	0.14	gene4
2.09	2.12	2.62	1.95	1.04	gene5
0.20	-3.06	-0.03	0.64	0.84	gene6