Formations continues du SUDES

Proteomique

Les enseignants-chercheurs de la plate-forme protéomique de l'Université de Lille 1 vous proposent, dans le cadre de la formation continue, de vous approprier les méthodes de travail permettant les approches post-génomiques indispensables pour l'exploitation optimale des informations issues de la génomique.

Nous avons conçu des formations de niveau différent afin de vous permettre l'acquisition des techniques pour mettre en oeuvre la protéomique :

• Analyse des protéines par électrophorèse bi-dimensionnelle
• Préparation des échantillons pour le séquençage d'Edman
• Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse
• Analyse des glycoprotéines et des protéines phosphorylées par approche protéomique

Les formations se composent d'une partie théorique, pour un tiers du volume au maximum, alternée pour deux tiers avec la partie pratique.

Vous serez formés sur les appareils et les techniques les plus utilisés actuellement en protéomique

Sylviane d'HERBOMEZ
SUDES (Service Commun de Formation Continue de l'Université des Sciences et Technologies de Lille)
tel: 03 20 43 65 29 ou 03 20 43 66 89
fax: 03 20 43 67 77
sylviane.dherbomez@univ-lille1.fr
Site Internet : http://www.univ-lille1.fr/sudes

Plateau de protéomique -Université des Sciences et Technologies de Lille

• Jean-Louis HILBERT - Professeur
  Laboratoire de Physiologie de la Différenciation Végétale - UPRESA-EA 2702-
• Michel SALZET - Professeur
  Laboratoire d'Endocrinologie des Annélidés - UPRESA 8017
• Pierre-Eric SAUTIERE - Maître de conférences
  Laboratoire d'Endocrinologie des Annélidés - UPRESA 8017

Centre Commun de Spectrométrie de Masse:

• Christian ROLANDO - Directeur de recherche CNRS
  Laboratoire de Chimie Organique et Macromoléculaire - UMR CNRS 8009
• Jerôme LEMOINE - Professeur
  Laboratoire de Glycobiologie Structurale et Fonctionelle - UMR CNRS 8576
• Jean-Claude MICHALSKI - Directeur de recherches CNRS
  Laboratoire de Glycobiologie Structurale et Fonctionelle - UMR CNRS 8576

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Caractérisation des protéines par spectromètrie de masse
Identification des protéines par MALDI-TOF et ESI-MS

du 10 au 14 janvier 2005

Objectifs

A l'issue de la formation, vous disposerez des éléments pour être capable de :

• Digérer une tâche excisée d'un gel électrophorèse
• Réaliser un spectre de masse MALDI
• Interroger les banques de données
• Réaliser un spectre nano-ESI

Pre-requis

Il est demandé aux participants de savoir utiliser les techniques d'électrophorèse bidimensionnelle.

Programme

• Décoloration, digestion d'une tache excisée d'un gel électrophorèse. Approche manuelle.
• Préparation d'une cible pour l'analyse MALDI. Prise des spectres de masse sur un spectromètre MALDI-TOF.
• Mis en oeuvre des robots pour l'excision des tâches, la digestion et la préparation de cible..
• Mise en forme des données. Interrogation des banques de données. Identification des protéines connues ou prédites.
• Préparation d'un échantillon pour l'analyse nano-ESI. Prise des spectres de masse sur un spectromètre ESI-Q-q-TOF et/ou sur un piège ionique (MSⁿ) en utilisant des aiguilles de nano-ESI.
• Techniques MS/MS. Réalisation de spectres MALDI-TOF-PSD ou ESI-MS/MS. Séquençage de novo. Interrogation des banques de données. Identification des protéines inconnues.
• Couplage nano-LC-nano-ESI. Paramètres du séquençage automatique pour la fragmentation MS/MS.
• Présentation des techniques ICAT et DIGE.

Instruments disponibles

• Spectromètres de masse : MALDI-TOF, ESI-Q-q-TOF , ESI-Ion Trap
• Chromatographies : ionique et/ou par gradient de pH, nano-LC
• Robots : exciseur, digesteur, de dépôt sur cible
• Analyseur d'image pour gels colorés avec des marqueurs fluorescents
• Logiciels d'analyse d'image de nouvelle génération

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Analyse des glycoprotéines et des protéines phosphorylées
par approche protéomique

du 24 au 28 janvier 2005

Objectifs

A l'issue de la formation, vous disposerez des éléments pour être capable de :

• savoir mettre oeuvre les techniques de caractérisation de la glycosilation et de la phosphorylation des protéines
• savoir caractériser les glycoformes
• utiliser les techniques de séquençage par spectrométrie de masse des glycannes

Pre-requis

Il est demandé aux participants de savoir utiliser les techniques d'électrophorèse bidimensionnelle et de préparations d'échantillons protéiques , d'avoir des notions sur l'identification des protéines en spectrométrie de masse de type MALDI-MS ou avoir suivi la formation  « Identification des protéines par MALDI-TOF et ESI-MS» organisée à l'Université des Sciences et Technologies de Lille.

Programme

• Mise en évidence de la glycosylation et de la phosphorylation sur les gels
• utilisation des lectines et anticorps
• marquages isotopiques . Utilisation de l'analyse en phosphorimage
• Caractérisation des glycoformes
• séparation électrophorétique 2D
• séparation sur colonnes de lectines
• Séquençage et caractérisation de la glycosylation et de la phosphorylation par spectrométrie de masse (MALDI-TOF, ES-MS-MS)
• Méthodes de libération des glycannes à l'aide de kits enzymatiques

Cout

• Analyse des protéines par électrophorèse bidimensionnelle : 2050 euros
• Préparation des échantillons pour le séquençage d'Edman : 1040 euros
• Caractérisation des protéines par spectrométrie de masse : 1435 euros
• Analyse des glycoprotéines et des protéines phosphorylées par approche protéomique : 1435 euros

Le coût comprend la documentation et le repas du midi. Il n'est pas soumis à la TVA.

Lieu

Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL)
Cité scientifique, Villeneuve d'Ascq (59)

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Préparation des échantillons pour le séquençage d'Edman

6-7-8 juin 2005

Objectifs

A l'issue de la formation, vous disposerez des éléments

• pour être capable de préparer un échantillon en vue d'une identification par microséquençage d'Edman

Programme

• Présentation des paramètres pouvant influencer le séquençage d'Edman
• Optimisation de la préparation de l'échantillon
• en milieu liquide
• sur membrane de PVDF
• Cas de protéines bloquées
• Digestions enzymatiques suivies de séparations HPLC

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Analyse des protéines par électrophorèse bidimensionnelle

du 19 au 23 septembre 2005

Objectifs

A l'issue de la formation, vous disposerez des éléments pour être capable de :

• réaliser un protocole de préparation suivant l'origine de l'échantillon (animal ou végétal)
• préparer les gels de première et de deuxième dimension en vue du dépôt de l'échantillon protéique
• colorer les gels
• interpréter les gels à l'aide de logiciels dédiés à l'analyse de gel 2D

Programme

• Avantages et limites de l'électrophorèse 2D pour l'étude du protéome
• Techniques d'extraction et de révélation des protéines
• migrations sur gel de première dimension en Immobilines
• migrations sur gel de deuxième dimension SDS-PAGE
• les différentes colorations : coloration argentique, Bleu colloidal, Sypro...
• Les grandes principes de l'analyse informatisée des gels

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